Gudhems kloster grundades i mitten av 1100-talet då landet regerades av Karl Sverkersson. Förmodligen donerade Kung Karl, Gudhem som huvudegendom för ett nybildat nunnekloster som följde cisterciensernas stränga föreskrifter om ett liv i kristen gemenskap efter huvudreglerna - lydnad, kyskhet och fattigdom.
Kungliga personer gav sedan mark och pengar till klostren i utbyte mot förböner, själamässor och gravplatser. Klostren blev med tiden stora jordägare. Slutet för de medeltida klostern i Sverige var att Gustav Vasa bestämde vid ett riksmöte i Västerås 1527 att lägga beslag på kyrkans och klostrens guld och gods. Två år senare skadades Gudhems kloster av en stor eldsvåda och efter 1533 finns det inte längre några dokument som berättar om nunnornas vidare öden.
I Klostermuséet visas hur utgrävningarna gått till under 1900 talet och de fynd som där gjorts. Vidare finns det information om klostrets betydelse för trakten samt en bild över hela klosterområdet baserat på de fynd som gjorts på plats och de övriga cistercienserkloster som fortfarande finns bevarade i Europa.
